Marianna Wladimirowna Werewkina war die Tochter des Regimentskommandeurs von Jekaterinburg im Ural. Im Jahr 1880 war sie Lehrling von Ilja Repin, dem berühmtesten realistischen Künstler Russlands. 1888 erlitt sie bei einem Jagdausflug einen Unfall, bei dem sie die Farbe, die sie benutzte, auf ihre rechte Hand schoss. 1892 lernte sie Alexi von Jawlensky kennen, der später Helene Neznakomova kennenlernte, die an der Seite des Paares wohnte. Sie unternahmen 1896 eine Reise durch Deutschland. Ein Jahrzehnt lang malte sie nicht. Anschließend ließen sie sich von 1905 bis 1906 in Frankreich nieder.

1909 gründeten Alexi Jawlensky, Marianne von Werefkin, Wassily Kandinsky und andere die Neue Münchner Künstlervereinigung (NKV), die im Dezember ihre Eröffnungsausstellung in der Galerie Thannhauser in München veranstaltete. Die Ausstellung von 1912 führte zur Gründung der Gruppe mit dem Namen "Der Blaue Reiter".

Im Jahr 1907 begann sie ihren expressionistischen Stil. Sie wurde in ihrem Stil von Paul Gauguin und Louis Anquetin beeinflusst. In diesem Stil malte sie Die fantastische Nacht, Sonnenaufgang und Burg Aigle.

Nach dem Ausbruch des Ersten Weltkriegs zog die Familie in die Schweiz, in die Nähe von Genf und später nach Zürich. Nach 1918 trennte sich das Paar und Werefkin ließ sich in Ascona nieder. Im Jahr 1924 gründete sie die Künstlergruppe "Grosser Bar".

In den folgenden Jahren malte sie Plakate. Die freundschaftlichen Beziehungen zu ihren Freunden Carmen und Diego Hagmann halfen ihr, der Armut zu entfliehen. Sie starb am 6. Februar 1938 und wurde im russischen Quadrat auf dem Friedhof von Ascona beerdigt.